全部算法¶
共收录 201 个算法。使用顶部搜索框或下方筛选器快速定位。
2009进阶 (Intermediate)
ADMIXTURE
快速推断群体祖源成分比例
2019
Alevin
单细胞 RNA-seq 数据的快速定量与 UMI 计数
2022进阶 (Intermediate)
alevin-fry
内存高效的单细胞 RNA-seq 定量
2021
AlphaFold
从氨基酸序列预测蛋白质三维结构
2024
AlphaFold3
统一预测蛋白质及生物分子复合体三维结构
2023进阶 (Intermediate)
Ankh
高效轻量的蛋白质语言模型
2018
ASTRAL
基于基因树汇总的物种树估计
2003
AUGUSTUS
真核生物基因结构从头预测
2005进阶 (Intermediate)
AUGUSTUS
真核生物基因结构从头预测
2021
Bakta
细菌基因组的快速标准化功能注释
2014进阶 (Intermediate)
Ballgown
基于 FPKM 的转录本差异表达分析
2008进阶 (Intermediate)
BayeScan
贝叶斯 Fst 离群值检测识别选择位点
2001
Bayesian Phylogenetic Inference
贝叶斯框架的系统发育推断和分歧时间估计
2014
BEAST2
贝叶斯系统发育推断与系统动力学分析
2011
BGZF and Tabix
对基因组区间文件进行块压缩与随机区域访问
2011
Bismark
亚硫酸氢盐测序数据的比对和甲基化定量
2011进阶 (Intermediate)
Bismark
亚硫酸氢盐测序数据的比对和甲基化定量
1990
BLAST
快速数据库序列相似性搜索
1990
BLAST-based Annotation
基于序列相似性的功能预测
2015进阶 (Intermediate)
BOLT-LMM
大规模线性混合模型关联分析
完整列表¶
| 算法 | 年份 | 分类 | 用途 | 难度 |
|---|---|---|---|---|
| ADMIXTURE | 2009 | 群体遗传学 | 快速推断群体祖源成分比例 | 进阶 |
| Alevin | 2019 | 单细胞基因组学 | 单细胞 RNA-seq 数据的快速定量与 UMI 计数 | - |
| alevin-fry | 2022 | 单细胞基因组学 | 内存高效的单细胞 RNA-seq 定量 | 进阶 |
| AlphaFold | 2021 | 蛋白质结构预测 | 从氨基酸序列预测蛋白质三维结构 | - |
| AlphaFold3 | 2024 | 蛋白质结构预测 | 统一预测蛋白质及生物分子复合体三维结构 | - |
| Ankh | 2023 | 蛋白质语言模型 | 高效轻量的蛋白质语言模型 | 进阶 |
| ASTRAL | 2018 | 系统发育分析 | 基于基因树汇总的物种树估计 | - |
| AUGUSTUS | 2003 | 基因预测 | 真核生物基因结构从头预测 | - |
| AUGUSTUS | 2005 | 基因预测 | 真核生物基因结构从头预测 | 进阶 |
| Bakta | 2021 | 功能注释 | 细菌基因组的快速标准化功能注释 | - |
| Ballgown | 2014 | 基因表达分析 | 基于 FPKM 的转录本差异表达分析 | 进阶 |
| BayeScan | 2008 | 群体遗传学 | 贝叶斯 Fst 离群值检测识别选择位点 | 进阶 |
| Bayesian Phylogenetic Inference | 2001 | 系统发育分析 | 贝叶斯框架的系统发育推断和分歧时间估计 | - |
| BEAST2 | 2014 | 系统发育分析 | 贝叶斯系统发育推断与系统动力学分析 | - |
| BGZF and Tabix | 2011 | 数据压缩 | 对基因组区间文件进行块压缩与随机区域访问 | - |
| Bismark | 2011 | 表观基因组学 | 亚硫酸氢盐测序数据的比对和甲基化定量 | - |
| Bismark | 2011 | 表观基因组学 | 亚硫酸氢盐测序数据的比对和甲基化定量 | 进阶 |
| BLAST | 1990 | 序列比对 | 快速数据库序列相似性搜索 | - |
| BLAST-based Annotation | 1990 | 功能注释 | 基于序列相似性的功能预测 | - |
| BOLT-LMM | 2015 | 群体遗传学 | 大规模线性混合模型关联分析 | 进阶 |
| Boltz-1 | 2024 | 蛋白质结构预测 | 开源端到端生物分子结构预测 | - |
| Bowtie2 | 2012 | 序列比对 | 短读段快速比对到参考基因组 | - |
| Bracken | 2017 | 宏基因组学 | 基于贝叶斯方法的 Kraken 物种丰度校正 | 进阶 |
| BRAKER | 2016 | 基因预测 | 全自动真核基因结构注释 | - |
| Burrows-Wheeler Transform Alignment | 2009 | 序列比对 | 高通量测序数据的快速比对 | - |
| Cactus | 2011 | 图基因组学 | 多物种全基因组比对和泛基因组构建 | 高级 |
| Canu | 2017 | 序列组装 | 单分子长读段纠错与组装 | 高级 |
| Cell Ranger | 2017 | 单细胞基因组学 | 单细胞 RNA-seq 数据预处理和定量 | - |
| CellChat | 2021 | 空间组学 | 基于配体-受体互作的细胞通讯推断 | 进阶 |
| Cellpose | 2020 | 空间组学 | 基于深度学习的细胞图像分割 | 进阶 |
| CellTypist | 2022 | 单细胞基因组学 | 基于逻辑回归的自动化细胞类型注释 | 进阶 |
| Centrifuge | 2016 | 宏基因组学 | 大规模参考库上的快速宏基因组物种分类 | - |
| Chai-1 | 2024 | 蛋白质结构预测 | 多模态生物分子结构预测与药物发现 | - |
| ChromHMM | 2012 | 表观基因组学 | 染色质状态自动发现和基因组注释 | - |
| Clair3 | 2022 | 变异检测 | 基于长读段数据进行高精度生殖系变异检测 | - |
| Clustal Omega | 2011 | 序列比对 | 大规模多序列比对 | - |
| ColabFold | 2022 | 蛋白质结构预测 | 加速并简化 AlphaFold 蛋白质结构预测流程 | - |
| CRAM | 2011 | 数据压缩 | 比对数据的高效压缩存储 | - |
| cuteSV | 2020 | 变异检测 | 基于长读段数据通过信号聚类检测结构变异 | - |
| De Bruijn Graph Assembly | 2001 | 序列组装 | 从短读段重建基因组序列 | - |
| DeepSEA | 2015 | 蛋白质语言模型 | 基于深度学习的 DNA 序列功能预测 | 进阶 |
| DeepSomatic | 2024 | 变异检测 | 基于深度学习的体细胞变异检测 | - |
| DeepVariant | 2018 | 变异检测 | 基于深度学习的高精度变异检测 | - |
| Delly | 2012 | 变异检测 | 检测基因组结构变异（缺失、重复、倒位、易位） | - |
| DESeq2 | 2014 | 基因表达分析 | RNA-seq 数据的差异表达分析 | - |
| DIAMOND | 2015 | 序列比对 | 超快速蛋白质和核苷酸序列比对 | 进阶 |
| DiffBind | 2011 | 表观基因组学 | ChIP-seq 样本间的差异结合位点检测 | 进阶 |
| DSRC | 2013 | 数据压缩 | FASTQ 数据的高速专用无损压缩 | - |
| DSS | 2014 | 表观基因组学 | 基于层次统计模型检测差异甲基化位点和区域 | - |
| edgeR | 2010 | 基因表达分析 | 基于经验贝叶斯的差异表达分析 | - |
| Edlib | 2017 | 序列比对 | 快速编辑距离和序列比对 | 进阶 |
| eggNOG-mapper | 2017 | 功能注释 | 基于直系同源关系的快速功能注释 | - |
| ESM-1v | 2021 | 蛋白质语言模型 | 基于语言模型的蛋白质变异效应零样本预测 | 进阶 |
| ESM-2 | 2022 | 蛋白质语言模型 | 基于 Transformer 的蛋白质序列表征学习 | 进阶 |
| ESMFold | 2023 | 蛋白质语言模型 | 基于语言模型的快速端到端结构预测 | 进阶 |
| ESMFold | 2023 | 蛋白质结构预测 | 基于语言模型的快速蛋白质结构预测 | - |
| Exonerate | 2005 | 序列比对 | 通用序列比对和数据库搜索 | 进阶 |
| FastTree | 2010 | 系统发育分析 | 大规模序列集合的快速近似最大似然建树 | - |
| Flye | 2019 | 序列组装 | 长读段快速从头组装 | - |
| Foldseek | 2023 | 蛋白质结构预测 | 超快速蛋白质三维结构相似性搜索 | - |
| fqzcomp | 2014 | 数据压缩 | FASTQ 质量分数的高效无损压缩 | 进阶 |
| FreeBayes | 2012 | 变异检测 | 基于贝叶斯的变异检测 | - |
| GATK HaplotypeCaller | 2010 | 变异检测 | 检测 SNP 和小型 Indel 变异 | - |
| GCSA2 | 2017 | 图基因组学 | 变异图的高效 k-mer 索引 | 高级 |
| GeneMark | 1993 | 基因预测 | 基于统计模型进行基因结构与编码区预测 | - |
| GeneMark-ES | 2005 | 基因预测 | 基于概率模型的多物种基因预测 | 进阶 |
| Genozip | 2021 | 数据压缩 | 基因组数据的高压缩比无损压缩 | - |
| Genrich | 2019 | 表观基因组学 | ChIP-seq 和 ATAC-seq 数据的快速富集检测 | 进阶 |
| Giotto Suite | 2021 | 空间组学 | 多平台空间组学综合分析框架 | 进阶 |
| GLIMMER | 1998 | 基因预测 | 原核基因组中的开放阅读框与基因边界预测 | - |
| Glimmer | 1998 | 基因预测 | 原核基因组的开放阅读框和基因边界预测 | 进阶 |
| GraphAligner | 2019 | 图基因组学 | 泛基因组图上的长读段比对 | 高级 |
| GRIDSS | 2017 | 变异检测 | 基于断裂端组装检测基因组结构变异 | - |
| GZIP for FASTQ | 1992 | 数据压缩 | 测序数据的通用压缩 | - |
| HapFLK | 2013 | 群体遗传学 | 多群体间的选择信号检测 | 高级 |
| Harmony | 2019 | 单细胞基因组学 | 多批次单细胞数据的批次校正与整合 | - |
| Hifiasm | 2021 | 序列组装 | HiFi 长读段的高质量单倍型组装 | - |
| HiFiBD | 2022 | 图基因组学 | 泛基因组图上的 HiFi 数据分型 | 高级 |
| HISAT2 | 2015 | 序列比对 | 低内存、高速的剪接感知比对 | - |
| HMMER | 2011 | 功能注释 | 蛋白质结构域识别和远程同源检测 | - |
| HMMRATAC | 2019 | 表观基因组学 | 基于 ATAC-seq 信号识别开放染色质区域 | - |
| HOMER | 2010 | 表观基因组学 | ChIP-seq 数据分析与转录因子基序发现 | 进阶 |
| HUMAnN | 2014 | 宏基因组学 | 宏基因组功能组成和代谢通路分析 | - |
| HUMAnN 3 | 2018 | 宏基因组学 | 宏基因组功能谱和代谢通路的定量分析 | 进阶 |
| I-TASSER | 2008 | 蛋白质结构预测 | 结合 threading 与组装策略进行蛋白质结构建模 | - |
| InterPro | 2014 | 功能注释 | 集成蛋白质家族与结构域签名数据库 | - |
| InterProScan | 2014 | 功能注释 | 多数据库整合的蛋白质功能注释 | - |
| IQ-TREE | 2015 | 系统发育分析 | 快速最大似然系统发育推断 | - |
| IQ-TREE 2 | 2020 | 系统发育分析 | 支持分区与混合模型的高效最大似然推断 | - |
| Kaiju | 2016 | 宏基因组学 | 基于蛋白水平匹配提升宏基因组物种分类灵敏度 | - |
| Kalign | 2005 | 序列比对 | 快速多序列比对 | 进阶 |
| Kallisto | 2016 | 基因表达分析 | 快速转录本定量 | - |
| kallisto | bustools | 2021 | 单细胞基因组学 | 快速轻量的单细胞 RNA-seq 数据预处理 | 进阶 |
| KofamKOALA | 2020 | 功能注释 | 基于 KEGG Ortholog 模型进行蛋白功能与通路注释 | - |
| Kraken2 | 2019 | 宏基因组学 | 基于 k-mer 的超快速宏基因组物种分类 | - |
| LASTZ | 2004 | 序列比对 | 成对全基因组比对 | 进阶 |
| limma-voom | 2014 | 基因表达分析 | 基于线性模型和精度权重的 RNA-seq 差异表达分析 | - |
| MACS2 | 2008 | 表观基因组学 | ChIP-seq 数据的峰值检测和富集分析 | - |
| MACS2 | 2012 | 表观基因组学 | ChIP-seq 数据的模型驱动峰值检测 | 入门 |
| MAFFT | 2002 | 序列比对 | 高效多序列比对 | - |
| MAKER | 2008 | 基因预测 | 整合多源证据进行真核基因组注释 | - |
| MANGO | 2018 | 数据压缩 | 无需参考基因组的基因组序列压缩 | 高级 |
| Manta | 2016 | 变异检测 | 结构变异和大型 Indel 检测 | - |
| MaSuRCA | 2013 | 序列组装 | 混合测序数据的超级读段组装 | 进阶 |
| MaxBin 2 | 2016 | 宏基因组学 | 基于覆盖度与组成特征进行宏基因组自动分箱 | - |
| Maximum Likelihood Phylogeny | 2014 | 系统发育分析 | 统计学方法构建系统发育树 | - |
| MetaBAT 2 | 2019 | 宏基因组学 | 从宏基因组组装结果中进行自动分箱和基因组恢复 | - |
| MetaBAT 2 | 2019 | 宏基因组学 | 自适应宏基因组重叠群分箱与基因组恢复 | 进阶 |
| MetaPhlAn | 2012 | 宏基因组学 | 基于标记基因的微生物组成和丰度定量 | - |
| MetaPhlAn 4 | 2023 | 宏基因组学 | 基于增强标记基因的微生物群落定量 | 进阶 |
| metaPOST | 2021 | 宏基因组学 | 宏基因组组装结果的后处理与质量提升 | 高级 |
| methylKit | 2012 | 表观基因组学 | 高通量甲基化测序数据的差异分析与注释 | - |
| methylKit | 2012 | 表观基因组学 | 高通量甲基化测序数据的差异分析与功能注释 | 进阶 |
| Minigraph | 2020 | 图基因组学 | 构建泛基因组图和图上比对 | 高级 |
| Minimap2 | 2018 | 序列比对 | 长读段和短读段的通用快速比对 | - |
| MMseqs2 | 2017 | 序列比对 | 超快速序列搜索和聚类 | 进阶 |
| MODELLER | 1993 | 蛋白质结构预测 | 基于模板结构进行蛋白质同源建模 | - |
| Monocle 3 | 2019 | 单细胞基因组学 | 单细胞数据的轨迹推断与伪时间分析 | - |
| mOTUs | 2017 | 宏基因组学 | 基于通用标记基因的微生物物种定量 | 进阶 |
| MrBayes | 2012 | 系统发育分析 | 经典贝叶斯系统发育推断 | - |
| MUSCLE | 2004 | 序列比对 | 高精度多序列比对 | - |
| MuTect2 | 2013 | 变异检测 | 检测体细胞 SNP 和小型 Indel 变异 | - |
| Needleman-Wunsch | 1970 | 序列比对 | 全局序列比对 | - |
| Neighbor-Joining | 1987 | 系统发育分析 | 快速构建系统发育树 | - |
| NOISeq | 2015 | 基因表达分析 | 非参数差异表达分析 | - |
| Octopus | 2021 | 变异检测 | 贝叶斯单倍型感知的变异检测与联合推断 | - |
| odgi | 2020 | 图基因组学 | 泛基因组图的存储、操作和可视化 | 进阶 |
| OmegaFold | 2022 | 蛋白质结构预测 | 基于单序列语言模型进行快速蛋白质结构预测 | - |
| OpenFold | 2022 | 蛋白质结构预测 | 开源可训练的 AlphaFold2 复现框架 | - |
| Orione | 2015 | 数据压缩 | 参考辅助的 FASTQ/SAM 压缩 | 进阶 |
| OrthoFinder | 2019 | 功能注释 | 基于直系同源群推断进行跨物种功能注释与基因家族分析 | - |
| Overlap-Layout-Consensus (OLC) | 2010 | 序列组装 | 长读段序列组装 | - |
| PanVC | 2023 | 图基因组学 | 基于泛基因组图的端到端变异检测 | 高级 |
| parasail | 2016 | 序列比对 | SIMD 向量化的并行序列比对 | 高级 |
| PCA for Population Structure | 2006 | 群体遗传学 | 群体遗传结构的降维可视化和祖源推断 | 入门 |
| PCAdapt | 2016 | 群体遗传学 | 基于 PCA 的选择信号和离群值检测 | 进阶 |
| PfamScan | 2011 | 功能注释 | 基于 Pfam profile 进行蛋白结构域识别与功能注释 | - |
| PhyML | 2003 | 系统发育分析 | 快速最大似然系统发育推断 | 进阶 |
| PLINK | 2007 | 群体遗传学 | 全基因组关联分析和基因组数据管理 | 入门 |
| POA | 2002 | 序列比对 | 基于偏序图的多序列比对 | 高级 |
| Prodigal | 2010 | 基因预测 | 原核生物蛋白编码基因快速预测 | - |
| Prodigal | 2010 | 基因预测 | 原核生物蛋白编码基因的快速从头预测 | 入门 |
| ProGen | 2020 | 蛋白质语言模型 | 条件可控的蛋白质序列生成 | 高级 |
| Prokka | 2014 | 功能注释 | 快速自动化完成原核生物基因组功能注释 | - |
| ProtBERT | 2020 | 蛋白质语言模型 | 基于 BERT 的蛋白质序列表征学习 | 进阶 |
| ProteinMPNN | 2022 | 蛋白质语言模型 | 基于图神经网络的蛋白质序列设计 | 高级 |
| ProtTrans | 2021 | 蛋白质语言模型 | 多架构蛋白质语言模型预训练表征 | 进阶 |
| QIIME 2 | 2019 | 宏基因组学 | 微生物组数据的综合分析平台 | 入门 |
| QUAST | 2013 | 序列组装 | 基因组组装质量的综合评估 | 入门 |
| RagTag | 2022 | 序列组装 | 基于参考基因组改进 scaffold 排序与定向 | - |
| RAxML-NG | 2019 | 系统发育分析 | 下一代高性能最大似然系统发育推断 | - |
| Reference-Guided Assembly | 2011 | 序列组装 | 基于参考序列的快速基因组组装 | - |
| REGENIE | 2021 | 群体遗传学 | 两阶段大规模全基因组关联分析 | 进阶 |
| RevBayes | 2016 | 系统发育分析 | 灵活的贝叶斯系统发育推断平台 | 高级 |
| RFdiffusion | 2023 | 蛋白质语言模型 | 基于扩散模型的蛋白质结构从头生成 | 高级 |
| RNAmmer | 2007 | 基因预测 | 基因组中核糖体 RNA 基因的精确预测 | 进阶 |
| Rosetta | 2003 | 蛋白质结构预测 | 蛋白质结构预测和设计 | - |
| RoseTTAFold | 2021 | 蛋白质结构预测 | 基于多轨神经网络的高精度蛋白质结构预测 | - |
| RSEM | 2011 | 基因表达分析 | 基于参考的转录本定量 | - |
| SAIGE | 2018 | 群体遗传学 | 处理不平衡表型的大规模关联分析 | 进阶 |
| Salmon | 2017 | 基因表达分析 | 快速准确的转录本定量 | - |
| Scanpy | 2018 | 单细胞基因组学 | 可扩展的单细胞数据分析 | - |
| scANVI | 2021 | 单细胞基因组学 | 基于半监督深度学习的单细胞类型注释 | 高级 |
| scArches | 2022 | 单细胞基因组学 | 单细胞数据的参考映射与迁移学习 | 高级 |
| SCENIC | 2020 | 单细胞基因组学 | 单细胞基因调控网络推断与分析 | 高级 |
| scVI | 2018 | 单细胞基因组学 | 基于深度学习的单细胞数据建模与整合 | - |
| scVI-tools | 2023 | 单细胞基因组学 | 深度生成模型驱动的单细胞组学分析 | 高级 |
| Selscan | 2014 | 群体遗传学 | 基于单倍型的选择信号检测 | 进阶 |
| seqwish | 2020 | 图基因组学 | 从比对结果构建无损变异图 | 高级 |
| Seurat | 2015 | 单细胞基因组学 | 单细胞多模态数据分析与整合 | - |
| Seurat Spatial | 2021 | 空间组学 | 空间转录组数据的整合分析 | 进阶 |
| Shasta | 2020 | 序列组装 | 超快速长读段基因组组装 | 进阶 |
| SignalP | 2019 | 功能注释 | 利用深度学习预测蛋白质信号肽及剪切位点 | - |
| Sleuth | 2017 | 基因表达分析 | 基于 bootstrap 估计的转录本级别差异表达分析 | - |
| Smith-Waterman | 1981 | 序列比对 | 局部序列比对，寻找序列间的相似区域 | - |
| SNAP | 2004 | 基因预测 | 基于半隐马尔可夫模型进行真核基因从头预测 | - |
| Sniffles2 | 2023 | 变异检测 | 基于长读段数据进行高精度结构变异检测 | - |
| SPAdes | 2012 | 序列组装 | 小基因组和单细胞数据的高质量组装 | - |
| SPARK | 2019 | 空间组学 | 统计学方法检测空间可变基因 | 进阶 |
| SPARK-X | 2021 | 空间组学 | 快速非参数空间可变基因检测 | 进阶 |
| SpatialDE | 2018 | 空间组学 | 高斯过程方法检测空间表达模式 | 高级 |
| SPRING | 2019 | 数据压缩 | FASTQ 读段及质量值的高比率无损压缩 | - |
| SPRING Compress | 2020 | 数据压缩 | 大规模 FASTQ 数据集的高比率重排序压缩 | 进阶 |
| Squidpy | 2021 | 空间组学 | 空间组学数据的图分析和图像整合 | 进阶 |
| STAR | 2013 | 基因表达分析 | RNA-seq 数据的剪接感知比对 | - |
| StarDist | 2018 | 空间组学 | 基于星形凸多边形的细胞分割 | 进阶 |
| STARsolo | 2021 | 单细胞基因组学 | 单细胞 RNA-seq 数据的快速比对与表达矩阵生成 | - |
| stLearn | 2021 | 空间组学 | 整合组织图像的空间转录组分析 | 进阶 |
| Strelka2 | 2018 | 变异检测 | 快速体细胞和生殖系变异检测 | - |
| StringTie | 2015 | 基因表达分析 | 转录本组装与丰度估计 | - |
| STRUCTURE | 2000 | 群体遗传学 | 贝叶斯群体结构推断和祖源分配 | 进阶 |
| SvABA | 2016 | 变异检测 | 基于局部组装的结构变异和体细胞突变检测 | - |
| Tajima's D | 1989 | 群体遗传学 | 检测群体是否偏离中性进化 | 入门 |
| TM-align | 2005 | 蛋白质结构预测 | 蛋白质三维结构比对与相似性评估 | - |
| TMHMM | 2001 | 功能注释 | 使用隐马尔可夫模型预测蛋白质跨膜螺旋结构 | - |
| tximport | 2016 | 基因表达分析 | 转录本定量结果导入和基因水平汇总 | 入门 |
| Unicycler | 2017 | 序列组装 | 细菌基因组的高质量混合组装 | 进阶 |
| Verkko | 2023 | 序列组装 | 整合 HiFi 和 ONT 数据实现端粒到端粒组装 | 高级 |
| VG (Variation Graph) | 2017 | 图基因组学 | 基于变异图的序列比对和变异检测 | 高级 |
| WFA2-lib | 2023 | 序列比对 | 波前算法的自适应超快速序列比对 | 高级 |
| Wtdbg2 | 2019 | 序列组装 | 快速长读段从头组装 | 进阶 |