Alevin¶
2019年 单细胞基因组学 数据预处理
Alevin
基于轻量级映射与 UMI 去重策略的单细胞 RNA-seq 定量工具，可直接从 FASTQ 生成细胞和基因表达矩阵。 该方法速度快、内存占用低，并与 Salmon 生态紧密结合，是 droplet-based 单细胞预处理的重要开源方案。
:material-target: 用途
单细胞 RNA-seq 数据的快速定量与 UMI 计数
:material-clock-fast: 时间复杂度
O(n * g):material-memory: 空间复杂度
O(c * g)相关工具¶
STARsolo · Cell Ranger · Kallisto-bustools
标签¶
[preprocessing](tags.md#preprocessing) [umi](tags.md#umi) [lightweight-mapping](tags.md#lightweight-mapping) [quantification](tags.md#quantification)