Bracken¶
2017年 宏基因组学 物种分类 进阶 (Intermediate)
Bracken
基于贝叶斯统计框架的物种丰度估计方法,在 Kraken 分类结果基础上利用 k-mer 分布特征校正物种级丰度。 该方法通过概率模型将读段重新分配到各分类层级,显著提高物种丰度估计的准确性,是 Kraken 流程的重要补充。
:material-target: 用途
基于贝叶斯方法的 Kraken 物种丰度校正
:material-clock-fast: 时间复杂度
O(n):material-memory: 空间复杂度
O(d):material-code: 实现语言
Python
相关工具¶
Kraken2 · MetaPhlAn · Centrifuge
标签¶
[abundance-estimation](tags.md#abundance-estimation) [bayesian](tags.md#bayesian) [kraken](tags.md#kraken) [species-level](tags.md#species-level)