Cactus¶
2011年 图基因组学 泛基因组 高级 (Advanced)
Cactus
基于祖先引导的全基因组比对和泛基因组图构建方法，使用 progressive cactus 算法处理多物种间的共线性关系。该方法可构建大规模的全基因组比对和泛基因组 参考图。
:material-target: 用途
多物种全基因组比对和泛基因组构建
:material-clock-fast: 时间复杂度
O(n^2 * k):material-memory: 空间复杂度
O(n * k):material-code: 实现语言
C、Python
相关工具¶
Minigraph · PGGB · Mauve
标签¶
[pangenome](tags.md#pangenome) [alignment](tags.md#alignment) [progressive](tags.md#progressive) [multi-species](tags.md#multi-species)