Centrifuge¶
2016年 宏基因组学 物种分类
Centrifuge
面向宏基因组样本的快速分类方法，利用压缩索引在大规模参考数据库上进行高效序列归类。 该工具兼顾速度和内存占用，适合在复杂微生物群落中进行物种鉴定和未知样本初筛。
:material-target: 用途
大规模参考库上的快速宏基因组物种分类
:material-clock-fast: 时间复杂度
O(n * log d):material-memory: 空间复杂度
O(d)相关工具¶
Kraken2 · Kaiju · CLARK
标签¶
[classification](tags.md#classification) [compressed-index](tags.md#compressed-index) [low-memory](tags.md#low-memory) [taxonomic](tags.md#taxonomic)