De Bruijn Graph Assembly¶
2001年 序列组装 从头组装
De Bruijn Graph Assembly
基于 De Bruijn 图的序列组装算法，将测序读段分解为 k-mer，构建有向图进行组装。 该方法特别适合处理高通量测序产生的大量短读段，是现代基因组组装的核心方法。
:material-target: 用途
从短读段重建基因组序列
:material-clock-fast: 时间复杂度
O(n):material-memory: 空间复杂度
O(k * 4^k)相关工具¶
SPAdes · MEGAHIT · Velvet
标签¶
[graph-based](tags.md#graph-based) [k-mer](tags.md#k-mer) [de-novo](tags.md#de-novo) [short-read](tags.md#short-read)