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Edlib

2017年 序列比对 双序列比对 进阶 (Intermediate)

Edlib

基于 Myers 位并行算法的快速编辑距离计算工具,支持前缀、后缀和全长比对模式。该方法在计算编辑距离和比对方面速度极快,是序列相似度估计的高效选择。
:material-target: 用途
快速编辑距离和序列比对
:material-clock-fast: 时间复杂度
O(mn / w)
:material-memory: 空间复杂度
O(m)
:material-code: 实现语言
C++

相关工具

parasail · SeqAn · Biopython

标签

[edit-distance](tags.md#edit-distance) [bit-parallel](tags.md#bit-parallel) [fast](tags.md#fast) [myers](tags.md#myers)

:material-folder: 分类:序列比对 / 双序列比对 | :material-identifier: ID:edlib