GCSA2¶
2017年 图基因组学 变异图 高级 (Advanced)
GCSA2
基于广义压缩后缀数组的图索引方法，将变异图上的所有路径编码为可搜索的 索引结构，支持高效的 k-mer 搜索和精确匹配。该方法是 VG 工具包的核心 索引引擎。
:material-target: 用途
变异图的高效 k-mer 索引
:material-clock-fast: 时间复杂度
O(n):material-memory: 空间复杂度
O(n):material-code: 实现语言
C++
相关工具¶
VG · Minigraph · GraphAligner
标签¶
[indexing](tags.md#indexing) [k-mer](tags.md#k-mer) [compressed-suffix-array](tags.md#compressed-suffix-array) [variation-graph](tags.md#variation-graph)