kallisto | bustools¶
2021年 单细胞基因组学 数据预处理 进阶 (Intermediate)
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基于伪比对的快速单细胞 RNA-seq 预处理流程，利用 kallisto 索引和 bustools 流式处理实现轻量级定量。 该方法内存占用极低，处理速度快，支持多种单细胞平台，是大规模单细胞数据预处理的高效替代方案。
:material-target: 用途
快速轻量的单细胞 RNA-seq 数据预处理
:material-clock-fast: 时间复杂度
O(n * k):material-memory: 空间复杂度
O(g):material-code: 实现语言
C++
相关工具¶
Cell Ranger · STARsolo · Alevin
标签¶
[preprocessing](tags.md#preprocessing) [pseudoalignment](tags.md#pseudoalignment) [fast](tags.md#fast) [lightweight](tags.md#lightweight)