parasail¶
2016年 序列比对 双序列比对 高级 (Advanced)
parasail
基于 SIMD 指令集的并行序列比对库，使用 Smith-Waterman、Needleman-Wunsch 等算法的向量化实现。该方法在现代 CPU 上实现了极高的比对吞吐量。
:material-target: 用途
SIMD 向量化的并行序列比对
:material-clock-fast: 时间复杂度
O(mn / w):material-memory: 空间复杂度
O(m):material-code: 实现语言
C
相关工具¶
SWIPE · SSEARCH · KSW
标签¶
[simd](tags.md#simd) [parallel](tags.md#parallel) [vectorized](tags.md#vectorized) [high-throughput](tags.md#high-throughput)