Shasta¶
2020年 序列组装 从头组装 进阶 (Intermediate)
Shasta
基于游程编码的超快速长读段组装工具，使用 run-length 编码压缩序列数据以加速组装过程。 该方法专为 Oxford Nanopore 长读段设计，能够在极短时间内完成大规模基因组的从头组装。
:material-target: 用途
超快速长读段基因组组装
:material-clock-fast: 时间复杂度
O(n):material-memory: 空间复杂度
O(n):material-code: 实现语言
C++
相关工具¶
Flye · Canu · Miniasm
标签¶
[long-read](tags.md#long-read) [fast](tags.md#fast) [run-length](tags.md#run-length) [ont](tags.md#ont)