图基因组学¶
基于图结构表示和分析基因组的算法
9 个算法收录于该分类。
泛基因组 (Pangenome)¶
构建和分析泛基因组图的方法
| 算法 | 年份 | 用途 | 难度 |
|---|---|---|---|
| seqwish | 2020 | 从比对结果构建无损变异图 | 高级 |
| odgi | 2020 | 泛基因组图的存储、操作和可视化 | 进阶 |
| Minigraph | 2020 | 构建泛基因组图和图上比对 | 高级 |
| Cactus | 2011 | 多物种全基因组比对和泛基因组构建 | 高级 |
变异图 (Variation Graph)¶
基于变异图的序列分析方法
| 算法 | 年份 | 用途 | 难度 |
|---|---|---|---|
| PanVC | 2023 | 基于泛基因组图的端到端变异检测 | 高级 |
| HiFiBD | 2022 | 泛基因组图上的 HiFi 数据分型 | 高级 |
| GraphAligner | 2019 | 泛基因组图上的长读段比对 | 高级 |
| VG (Variation Graph) | 2017 | 基于变异图的序列比对和变异检测 | 高级 |
| GCSA2 | 2017 | 变异图的高效 k-mer 索引 | 高级 |