系统发育分析¶
构建和分析进化树的算法
12 个算法收录于该分类。
距离法 (Distance Methods)¶
基于距离矩阵的建树方法
| 算法 | 年份 | 用途 | 难度 |
|---|---|---|---|
| FastTree | 2010 | 大规模序列集合的快速近似最大似然建树 | - |
| Neighbor-Joining | 1987 | 快速构建系统发育树 | - |
特征法 (Character-Based Methods)¶
基于序列特征的建树方法
| 算法 | 年份 | 用途 | 难度 |
|---|---|---|---|
| IQ-TREE 2 | 2020 | 支持分区与混合模型的高效最大似然推断 | - |
| RAxML-NG | 2019 | 下一代高性能最大似然系统发育推断 | - |
| ASTRAL | 2018 | 基于基因树汇总的物种树估计 | - |
| RevBayes | 2016 | 灵活的贝叶斯系统发育推断平台 | 高级 |
| IQ-TREE | 2015 | 快速最大似然系统发育推断 | - |
| Maximum Likelihood Phylogeny | 2014 | 统计学方法构建系统发育树 | - |
| BEAST2 | 2014 | 贝叶斯系统发育推断与系统动力学分析 | - |
| MrBayes | 2012 | 经典贝叶斯系统发育推断 | - |
| PhyML | 2003 | 快速最大似然系统发育推断 | 进阶 |
| Bayesian Phylogenetic Inference | 2001 | 贝叶斯框架的系统发育推断和分歧时间估计 | - |