群体遗传学¶
分析群体遗传结构和进化的算法
12 个算法收录于该分类。
主成分与群体结构 (PCA & Population Structure)¶
降维和群体结构推断方法
| 算法 | 年份 | 用途 | 难度 |
|---|---|---|---|
| ADMIXTURE | 2009 | 快速推断群体祖源成分比例 | 进阶 |
| PCA for Population Structure | 2006 | 群体遗传结构的降维可视化和祖源推断 | 入门 |
| STRUCTURE | 2000 | 贝叶斯群体结构推断和祖源分配 | 进阶 |
全基因组关联分析 (Genome-Wide Association Study)¶
基因型与表型关联分析方法
| 算法 | 年份 | 用途 | 难度 |
|---|---|---|---|
| REGENIE | 2021 | 两阶段大规模全基因组关联分析 | 进阶 |
| SAIGE | 2018 | 处理不平衡表型的大规模关联分析 | 进阶 |
| BOLT-LMM | 2015 | 大规模线性混合模型关联分析 | 进阶 |
| PLINK | 2007 | 全基因组关联分析和基因组数据管理 | 入门 |
选择信号检测 (Selection Signature Detection)¶
检测自然选择留下的遗传信号
| 算法 | 年份 | 用途 | 难度 |
|---|---|---|---|
| PCAdapt | 2016 | 基于 PCA 的选择信号和离群值检测 | 进阶 |
| Selscan | 2014 | 基于单倍型的选择信号检测 | 进阶 |
| HapFLK | 2013 | 多群体间的选择信号检测 | 高级 |
| BayeScan | 2008 | 贝叶斯 Fst 离群值检测识别选择位点 | 进阶 |
| Tajima's D | 1989 | 检测群体是否偏离中性进化 | 入门 |