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蛋白质结构预测

预测蛋白质三维结构的算法

14 个算法收录于该分类。

从头预测 (Ab Initio Prediction)

基于序列信息的从头结构预测

算法年份用途难度
Chai-12024多模态生物分子结构预测与药物发现-
Boltz-12024开源端到端生物分子结构预测-
AlphaFold32024统一预测蛋白质及生物分子复合体三维结构-
ESMFold2023基于语言模型的快速蛋白质结构预测-
OpenFold2022开源可训练的 AlphaFold2 复现框架-
OmegaFold2022基于单序列语言模型进行快速蛋白质结构预测-
ColabFold2022加速并简化 AlphaFold 蛋白质结构预测流程-
RoseTTAFold2021基于多轨神经网络的高精度蛋白质结构预测-
AlphaFold2021从氨基酸序列预测蛋白质三维结构-

模板方法 (Template-Based Modeling)

基于已知结构模板的建模方法

算法年份用途难度
Foldseek2023超快速蛋白质三维结构相似性搜索-
I-TASSER2008结合 threading 与组装策略进行蛋白质结构建模-
TM-align2005蛋白质三维结构比对与相似性评估-
Rosetta2003蛋白质结构预测和设计-
MODELLER1993基于模板结构进行蛋白质同源建模-