单细胞基因组学¶
单细胞水平的基因组和转录组分析算法
15 个算法收录于该分类。
数据预处理 (Preprocessing)¶
单细胞数据的质控、标准化和预处理
| 算法 | 年份 | 用途 | 难度 |
|---|---|---|---|
| alevin-fry | 2022 | 内存高效的单细胞 RNA-seq 定量 | 进阶 |
| kallisto | bustools | 2021 | 快速轻量的单细胞 RNA-seq 数据预处理 | 进阶 |
| STARsolo | 2021 | 单细胞 RNA-seq 数据的快速比对与表达矩阵生成 | - |
| Alevin | 2019 | 单细胞 RNA-seq 数据的快速定量与 UMI 计数 | - |
| Cell Ranger | 2017 | 单细胞 RNA-seq 数据预处理和定量 | - |
细胞聚类与注释 (Cell Clustering & Annotation)¶
细胞类型识别和聚类分析
| 算法 | 年份 | 用途 | 难度 |
|---|---|---|---|
| scVI-tools | 2023 | 深度生成模型驱动的单细胞组学分析 | 高级 |
| scArches | 2022 | 单细胞数据的参考映射与迁移学习 | 高级 |
| CellTypist | 2022 | 基于逻辑回归的自动化细胞类型注释 | 进阶 |
| scANVI | 2021 | 基于半监督深度学习的单细胞类型注释 | 高级 |
| SCENIC | 2020 | 单细胞基因调控网络推断与分析 | 高级 |
| Monocle 3 | 2019 | 单细胞数据的轨迹推断与伪时间分析 | - |
| Harmony | 2019 | 多批次单细胞数据的批次校正与整合 | - |
| scVI | 2018 | 基于深度学习的单细胞数据建模与整合 | - |
| Scanpy | 2018 | 可扩展的单细胞数据分析 | - |
| Seurat | 2015 | 单细胞多模态数据分析与整合 | - |