Protein Structure Prediction
Algorithms for predicting protein 3D structures
14 algorithms in this category.
Ab Initio Prediction
De novo structure prediction from sequence
| Algorithm | Year | Purpose |
|---|---|---|
| Chai-1 | 2024 | 多模态生物分子结构预测与药物发现 |
| Boltz-1 | 2024 | 开源端到端生物分子结构预测 |
| AlphaFold3 | 2024 | 统一预测蛋白质及生物分子复合体三维结构 |
| ESMFold | 2023 | 基于语言模型的快速蛋白质结构预测 |
| OpenFold | 2022 | 开源可训练的 AlphaFold2 复现框架 |
| OmegaFold | 2022 | 基于单序列语言模型进行快速蛋白质结构预测 |
| ColabFold | 2022 | 加速并简化 AlphaFold 蛋白质结构预测流程 |
| RoseTTAFold | 2021 | 基于多轨神经网络的高精度蛋白质结构预测 |
| AlphaFold | 2021 | 从氨基酸序列预测蛋白质三维结构 |
Template-Based Modeling
Modeling based on known structure templates
| Algorithm | Year | Purpose |
|---|---|---|
| Foldseek | 2023 | 超快速蛋白质三维结构相似性搜索 |
| I-TASSER | 2008 | 结合 threading 与组装策略进行蛋白质结构建模 |
| TM-align | 2005 | 蛋白质三维结构比对与相似性评估 |
| Rosetta | 2003 | 蛋白质结构预测和设计 |
| MODELLER | 1993 | 基于模板结构进行蛋白质同源建模 |