Single-Cell Genomics
Algorithms for single-cell genomics and transcriptomics
15 algorithms in this category.
Preprocessing
QC, normalization and preprocessing for single-cell data
| Algorithm | Year | Purpose |
|---|---|---|
| alevin-fry | 2022 | 内存高效的单细胞 RNA-seq 定量 |
| [kallisto | bustools](../../algorithms/kallisto-bustools.md) | 2021 |
| STARsolo | 2021 | 单细胞 RNA-seq 数据的快速比对与表达矩阵生成 |
| Alevin | 2019 | 单细胞 RNA-seq 数据的快速定量与 UMI 计数 |
| Cell Ranger | 2017 | 单细胞 RNA-seq 数据预处理和定量 |
Cell Clustering & Annotation
Cell type identification and clustering analysis
| Algorithm | Year | Purpose |
|---|---|---|
| scVI-tools | 2023 | 深度生成模型驱动的单细胞组学分析 |
| scArches | 2022 | 单细胞数据的参考映射与迁移学习 |
| CellTypist | 2022 | 基于逻辑回归的自动化细胞类型注释 |
| scANVI | 2021 | 基于半监督深度学习的单细胞类型注释 |
| SCENIC | 2020 | 单细胞基因调控网络推断与分析 |
| Monocle 3 | 2019 | 单细胞数据的轨迹推断与伪时间分析 |
| Harmony | 2019 | 多批次单细胞数据的批次校正与整合 |
| scVI | 2018 | 基于深度学习的单细胞数据建模与整合 |
| Scanpy | 2018 | 可扩展的单细胞数据分析 |
| Seurat | 2015 | 单细胞多模态数据分析与整合 |