kallisto | bustools
基于伪比对的快速单细胞 RNA-seq 预处理流程，利用 kallisto 索引和 bustools 流式处理实现轻量级定量。 该方法内存占用极低，处理速度快，支持多种单细胞平台，是大规模单细胞数据预处理的高效替代方案。
| 属性 | 值 |
|---|---|
| 用途 | 快速轻量的单细胞 RNA-seq 数据预处理 |
| 时间复杂度 | O(n * k) |
| 空间复杂度 | O(g) |
| 年份 | 2021 |
| 难度 | 进阶 (Intermediate) |
| 实现语言 | C++ |
| 分类 | 单细胞基因组学 |
复杂度分析
- 时间复杂度：
O(n * k) - 空间复杂度：
O(g)
性能洞见：该算法时间复杂度属于多项式量级。
注：复杂度基于理论模型。实际性能受数据规模、硬件环境与实现优化影响，建议针对具体场景进行基准测试。
文献与实现
相关工具
Cell Ranger · STARsolo · Alevin