IO 模块 API¶

命名空间：fq::io

FastqRecord¶

FASTQ 记录的零拷贝视图，使用 std::string_view 指向 FastqBatch 的连续内存。

字段¶

字段	类型	说明
`id`	`std::string_view`	记录标识符
`sequence`	`std::string_view`	DNA 序列
`quality`	`std::string_view`	质量分数字符串
`separator`	`std::string_view`	分隔符行（通常为 `+`）

关键方法¶

auto averageQuality(int qualityEncoding = 33) const -> double;
auto length() const -> size_t;
auto gcContent() const -> double;
auto nRatio() const -> double;

FastqBatch¶

批量存储多条 FASTQ 记录的容器，维护连续内存缓冲区。

关键方法¶

auto records() const -> const std::vector<FastqRecord>&;
auto size() const -> size_t;
auto empty() const -> bool;
void clear();
void reserve(size_t count);

内存模型¶

FastqBatch
├── buffer_     连续内存块（存储原始文本）
└── records_    FastqRecord 数组（string_view 指向 buffer_）

FastqReader¶

FASTQ 文件读取器，支持纯文本和 gzip 压缩格式。

构造与使用¶

fq::io::FastqReader reader("input.fastq.gz");

fq::io::FastqBatch batch;
while (reader.nextBatch(batch, 10000)) {
    for (const auto& record : batch.records()) {
        // 处理每条记录
    }
}

关键方法¶

explicit FastqReader(const std::string& path);
auto nextBatch(FastqBatch& batch, size_t batchSize = 10000) -> bool;
auto isOpen() const -> bool;

性能参数¶

参数	说明
`readChunkBytes`	每次读取的字节数
`zlibBufferBytes`	zlib 解压缓冲区大小
`maxBufferBytes`	最大缓冲区限制

FastqWriter¶

FASTQ 文件写入器，支持纯文本和 gzip 压缩输出。

构造与使用¶

fq::io::FastqWriter writer("output.fastq.gz");

for (const auto& record : batch.records()) {
    writer.write(record);
}

性能参数¶

参数	说明
`zlibBufferBytes`	压缩缓冲区大小
`outputBufferBytes`	输出缓冲区大小

FastqBatchPool¶

基于 ObjectPool<FastqBatch> 的对象池，减少 TBB pipeline 中的频繁分配。

auto pool = fq::io::createFastqBatchPool(initialSize, maxSize);
auto batch = pool->acquire();  // 从池获取
// shared_ptr 析构时自动归还