fq-compressor
fq-compressor 是一个面向测序时代的高性能下一代 FASTQ 压缩工具。它结合了最先进的基于组装的压缩（Assembly-based Compression, ABC）策略与工业级工程实践，旨在实现极高的压缩比、快速的并行处理以及原生随机访问能力。
核心特性
| 特性 | 说明 |
|---|---|
| 极致压缩 | 基于组装的重排序与共识生成，逼近理论压缩极限 |
| 混合质量压缩 | 统计上下文混合 (SCM) 处理质量值，兼顾压缩比和速度 |
| 并行引擎 | 基于 Intel oneTBB 的可扩展 Producer-Consumer 流水线 |
| 随机访问 | 原生 block-based 格式（类似 BGZF），支持任意位置快速访问 |
| 现代工程 | C++23 标准，Modern CMake + Conan 2.x + GitHub Actions CI/CD |
为什么选择 fq-compressor？
传统 FASTQ 压缩工具将 reads 视为独立字符串，依赖通用压缩算法。fq-compressor 采用本质不同的方法：
- Reads 是基因组的片段 — 我们通过重排序和组装 reads 来利用生物学冗余性。
- 每种数据流使用专用压缩器 — 序列用 ABC，质量值用 SCM，标识符用 tokenization + delta 编码。
- 归档格式面向实际使用 — 独立 block 支持随机访问、并行解压和故障隔离。
性能概览
| 编译器 | 压缩速度 | 解压速度 | 压缩比 |
|---|---|---|---|
| GCC | 11.30 MB/s | 60.10 MB/s | 3.97x |
| Clang | 11.90 MB/s | 62.30 MB/s | 3.97x |
测试环境：Intel Core i7-9700 @ 3.00GHz（8 核），2.27M 条 Illumina reads（511 MB 未压缩）