Functional Annotation
Algorithms for predicting gene and protein functions
12 algorithms in this category.
Homology-Based
Function inference based on sequence homology
| Algorithm | Year | Purpose |
|---|---|---|
| Bakta | 2021 | 细菌基因组的快速标准化功能注释 |
| KofamKOALA | 2020 | 基于 KEGG Ortholog 模型进行蛋白功能与通路注释 |
| OrthoFinder | 2019 | 基于直系同源群推断进行跨物种功能注释与基因家族分析 |
| eggNOG-mapper | 2017 | 基于直系同源关系的快速功能注释 |
| Prokka | 2014 | 快速自动化完成原核生物基因组功能注释 |
| BLAST-based Annotation | 1990 | 基于序列相似性的功能预测 |
Domain-Based
Annotation based on protein domains
| Algorithm | Year | Purpose |
|---|---|---|
| SignalP | 2019 | 利用深度学习预测蛋白质信号肽及剪切位点 |
| InterProScan | 2014 | 多数据库整合的蛋白质功能注释 |
| InterPro | 2014 | 集成蛋白质家族与结构域签名数据库 |
| PfamScan | 2011 | 基于 Pfam profile 进行蛋白结构域识别与功能注释 |
| HMMER | 2011 | 蛋白质结构域识别和远程同源检测 |
| TMHMM | 2001 | 使用隐马尔可夫模型预测蛋白质跨膜螺旋结构 |