Population Genetics
Algorithms for population genetic structure and evolution
12 algorithms in this category.
PCA & Population Structure
Dimensionality reduction and population structure inference
| Algorithm | Year | Purpose |
|---|---|---|
| ADMIXTURE | 2009 | 快速推断群体祖源成分比例 |
| PCA for Population Structure | 2006 | 群体遗传结构的降维可视化和祖源推断 |
| STRUCTURE | 2000 | 贝叶斯群体结构推断和祖源分配 |
Genome-Wide Association Study
Genotype-phenotype association analysis
| Algorithm | Year | Purpose |
|---|---|---|
| REGENIE | 2021 | 两阶段大规模全基因组关联分析 |
| SAIGE | 2018 | 处理不平衡表型的大规模关联分析 |
| BOLT-LMM | 2015 | 大规模线性混合模型关联分析 |
| PLINK | 2007 | 全基因组关联分析和基因组数据管理 |
Selection Signature Detection
Detection of natural selection signatures
| Algorithm | Year | Purpose |
|---|---|---|
| PCAdapt | 2016 | 基于 PCA 的选择信号和离群值检测 |
| Selscan | 2014 | 基于单倍型的选择信号检测 |
| HapFLK | 2013 | 多群体间的选择信号检测 |
| BayeScan | 2008 | 贝叶斯 Fst 离群值检测识别选择位点 |
| Tajima's D | 1989 | 检测群体是否偏离中性进化 |