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FM 索引构建
后缀数组 + BWT + 稀疏 SA 采样，单一 .fm 文件，magic number 与版本兼容检查
bwa-rustRust 版 BWA 序列比对器
高性能 · 内存安全 · 零 unsafe 代码 | 受 BWA-MEM 启发的现代生物信息学工具
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100%
测试通过率
0
unsafe 代码
32+
并发线程
O(n log²n)
SA 构建复杂度
BWA-MEM
算法风格
Zero unsafe
内存安全
🔄 比对流程
读取 FASTQ
→
SMEM 种子
→
链构建
→
SW 对齐
→
SAM 输出
💻 一行命令开始
bash
# 从 FASTA 参考序列构建 FM 索引
bwa-rust index reference.fa -o refbash
# BWA-MEM 风格一步比对
bwa-rust mem ref.fa reads.fq -t 8 -o output.sam📊 与 BWA 对比
特性
BWA (C)
bwa-rust
索引格式
多文件 (.bwt/.sa/.pac)
单一 .fm 文件
内存安全
unsafe C 代码
🦀 零 unsafe
并行框架
pthread
rayon (Rust)
构建时间
快 (O(n))
适中 (O(n log²n))
168 项测试全通过
GitHub Actions CI
跨平台支持
中英双语文档