书目

这份书目刻意是混合型的：它既包含外部论文和项目主页，也包含界定 FastQTools 今天可以主张什么的内部规范与 RFC。对这个项目来说，这是正确的阅读姿态，因为架构与 benchmark 政策本身就是公开技术叙事的一部分。

FASTQ 与质量值背景

先用这些资料校准格式假设与质量值术语，再去比较工具或复述白皮书结论。

1. PaperCock 等，2010：The Sanger FASTQ file format

   FASTQ 结构、历史变体与质量值编码背景的经典综述。

   当文档需要区分“记录格式”与“QC 策略”时，这篇文献尤其重要。

2. SpecFastQTools 产品规范

   当前维护中的 stat/filter 范围、支持的 predicate / mutator，以及代表性性能目标。

   这是说明文档今天可以声称什么、不能声称什么的边界文件。

执行、内存与证据策略

这些参考资料解释为什么白皮书里的吞吐主张必须绑定到架构与 benchmark 维护政策。

1. RFCRFC-0001：核心架构

   定义分层架构、零拷贝批处理模型和 oneTBB 流水线选择理由。

   source → processing → sink 与公共 API 边界的主事实来源。

2. RFCRFC-0004：内存池优化

   说明对象池复用与批次生命周期受控的内存策略。

   讨论内存约束时，应该引用这里而不是只说“尽量少分配”。

3. RFCRFC-0003：Benchmark 系统

   定义 benchmark 采集、报告生成和回归检测阈值。

   解释 benchmark-report 数据从哪里来、如何维护。

4. RFCRFC-0006：Benchmark 维护策略

   明确发布口径 SLA 与 GitHub Pages 信息性 benchmark 之间的区别。

   避免把代表性快照误说成普适性能承诺。

5. LibraryoneTBB 官方文档

   parallel_pipeline 及相关执行原语的官方说明。

   适合把 FastQTools 的阶段边界映射回底层并行模型时使用。

相关 QC / 预处理工具

这些项目是解释 FastQTools 的边界时最值得对照的参考点。

1. ProjectFastQC

   偏报告与可视化检查的质量控制工具。

   适合对照“报告优先”与“可嵌入处理优先”的差异。

2. Projectfastp

   把过滤、修剪与报告集中在一个可执行文件中的预处理工具。

   是说明“一体化预处理”与“聚焦 QC 工具包”差异的关键对象。

3. ProjectCutadapt

   围绕 adapter trimming 建立成熟工作流的工具。

   有助于解释 FastQTools 的 trimming 叙事并不只围绕 adapter 展开。

4. Projectseqtk

   低门槛、Unix 风格的 FASTA/FASTQ 小工具集。

   适合对照“紧凑工具”与“白皮书 + API 分层”之间的取舍。

引用协议

建议按层使用这份书目：

1. 先看 FASTQ 与 QC 背景来源，为术语提供正式支撑；
2. 再看架构与 benchmark RFC，支撑执行政策、内存约束与发布口径；
3. 最后看相关项目来源，用于比较而不是实现细节。

如何使用这份列表

把书目当作白皮书的正式引用表面，而不是杂项链接集合。如果某一章提出了重要的比较或方法学主张，读者应该能从这里找回对应来源。

引用质量门槛

这份书目采用和白皮书其他部分相同的主张纪律：

1. 每个来源都必须支撑一个具体主张，例如格式、执行政策、benchmark 解读或同类工具语境；
2. 内部 RFC 是有效引用，因为它们定义了 FastQTools 今天可以怎样主张自己；
3. 项目主页用于比较语境，而不是借用尚未被本项目支持的能力主张；
4. 引用 benchmark 时，应该同时引用方法或政策来源。