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本指南将带你完成第一个 FASTQ 文件的压缩和解压。

压缩 FASTQ 文件

fqc compress -i input.fastq -o output.fqc

读取 input.fastq，依次执行完整压缩流水线（序列用 ABC、质量值用 SCM、标识符用 tokenization），输出压缩归档 output.fqc。

常用选项

# 指定线程数
fqc compress -i input.fastq -o output.fqc -t 8

# 设置压缩级别（1-9，默认：5）
fqc compress -i input.fastq -o output.fqc -l 9

# 设置内存限制（MB）
fqc compress -i input.fastq -o output.fqc --memory-limit 4096

# 直接压缩 gzip 格式的 FASTQ
fqc compress -i input.fastq.gz -o output.fqc

# 也支持 bzip2 和 xz 输入
fqc compress -i input.fastq.bz2 -o output.fqc
fqc compress -i input.fastq.xz -o output.fqc

说明：Zstandard 压缩的 FASTQ 输入（.zst）暂未支持。

解压归档

fqc decompress -i output.fqc -o restored.fastq

随机访问解压

fq-compressor 的核心特性之一是 O(1) 随机访问：

# 提取第 1000 到 2000 条 reads
fqc decompress -i output.fqc --range 1000:2000 -o subset.fastq

查看归档信息

fqc info output.fqc

显示压缩归档的元信息：

• Read 条数
• 原始大小和压缩后大小
• 压缩比和 bits per base
• Block 数量和索引信息
• Read 长度统计

校验完整性

fqc verify output.fqc

执行全面的完整性检查：

• 文件头和文件尾校验和
• Block 级别 CRC 验证
• 索引一致性检查

双端数据（Paired-End）

# 压缩双端文件
fqc compress -i read1.fastq -I read2.fastq -o paired.fqc

# 解压双端文件
fqc decompress -i paired.fqc -o read1_out.fastq -O read2_out.fastq

流水线模式

处理大文件时，使用流水线模式获得最大吞吐量：

fqc compress -i input.fastq -o output.fqc --pipeline
fqc decompress -i output.fqc -o restored.fastq --pipeline

启用完整的 3 阶段并行流水线（读取 → 压缩 → 写入），基于 Intel oneTBB 实现。