Sequence Assembly
Algorithms for reconstructing complete sequences from short reads
14 algorithms in this category.
De Novo Assembly
Reference-free assembly methods
| Algorithm | Year | Purpose |
|---|---|---|
| Verkko | 2023 | 整合 HiFi 和 ONT 数据实现端粒到端粒组装 |
| Hifiasm | 2021 | HiFi 长读段的高质量单倍型组装 |
| Shasta | 2020 | 超快速长读段基因组组装 |
| Wtdbg2 | 2019 | 快速长读段从头组装 |
| Flye | 2019 | 长读段快速从头组装 |
| Unicycler | 2017 | 细菌基因组的高质量混合组装 |
| Canu | 2017 | 单分子长读段纠错与组装 |
| QUAST | 2013 | 基因组组装质量的综合评估 |
| MaSuRCA | 2013 | 混合测序数据的超级读段组装 |
| SPAdes | 2012 | 小基因组和单细胞数据的高质量组装 |
| Overlap-Layout-Consensus (OLC) | 2010 | 长读段序列组装 |
| De Bruijn Graph Assembly | 2001 | 从短读段重建基因组序列 |
Reference-Guided Assembly
Assembly methods using reference sequences
| Algorithm | Year | Purpose |
|---|---|---|
| RagTag | 2022 | 基于参考基因组改进 scaffold 排序与定向 |
| Reference-Guided Assembly | 2011 | 基于参考序列的快速基因组组装 |