Gene Expression Analysis
Algorithms for analyzing gene expression levels
12 algorithms in this category.
Expression Quantification
Estimation of transcript and gene expression levels
| Algorithm | Year | Purpose |
|---|---|---|
| Salmon | 2017 | 快速准确的转录本定量 |
| tximport | 2016 | 转录本定量结果导入和基因水平汇总 |
| Kallisto | 2016 | 快速转录本定量 |
| StringTie | 2015 | 转录本组装与丰度估计 |
| STAR | 2013 | RNA-seq 数据的剪接感知比对 |
| RSEM | 2011 | 基于参考的转录本定量 |
Differential Expression
Analysis of differential expression between conditions
| Algorithm | Year | Purpose |
|---|---|---|
| Sleuth | 2017 | 基于 bootstrap 估计的转录本级别差异表达分析 |
| NOISeq | 2015 | 非参数差异表达分析 |
| limma-voom | 2014 | 基于线性模型和精度权重的 RNA-seq 差异表达分析 |
| DESeq2 | 2014 | RNA-seq 数据的差异表达分析 |
| Ballgown | 2014 | 基于 FPKM 的转录本差异表达分析 |
| edgeR | 2010 | 基于经验贝叶斯的差异表达分析 |