Burrows-Wheeler Transform Alignment
基于 Burrows-Wheeler 变换的序列比对算法，通过构建 BWT 索引实现快速的短读段比对。 该方法在保持高准确性的同时大幅提升比对速度，是现代测序数据分析的核心算法。
| 属性 | 值 |
|---|---|
| 用途 | 高通量测序数据的快速比对 |
| 时间复杂度 | O(n) |
| 空间复杂度 | O(n) |
| 年份 | 2009 |
| 分类 | 序列比对 |
复杂度分析
- 时间复杂度：
O(n) - 空间复杂度：
O(n)
性能洞见：该算法时间复杂度属于线性（O(n) 量级），可在 TB 级数据上线性扩展，适合流式处理。空间复杂度线性，通常可通过滑动窗口等技术在常数因子上优化。
注：复杂度基于理论模型。实际性能受数据规模、硬件环境与实现优化影响，建议针对具体场景进行基准测试。
文献与实现
相关工具
BWA · Bowtie · HISAT2