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Centrifuge

面向宏基因组样本的快速分类方法,利用压缩索引在大规模参考数据库上进行高效序列归类。 该工具兼顾速度和内存占用,适合在复杂微生物群落中进行物种鉴定和未知样本初筛。

属性
用途大规模参考库上的快速宏基因组物种分类
时间复杂度O(n * log d)
空间复杂度O(d)
年份2016
分类宏基因组学

复杂度分析

  • 时间复杂度O(n * log d)
  • 空间复杂度O(d)

性能洞见:该算法时间复杂度属于多项式量级。

注:复杂度基于理论模型。实际性能受数据规模、硬件环境与实现优化影响,建议针对具体场景进行基准测试。

文献与实现

相关工具

Kraken2 · Kaiju · CLARK

标签

classification compressed-index low-memory taxonomic

Released under the MIT License.