Foldseek
超高速蛋白质结构搜索工具，通过将三维结构编码为一维的 3Di 字母序列实现比传统方法快数万倍的结构相似性搜索。 该工具支持对大型结构数据库进行快速检索，是蛋白质功能注释、同源发现和结构聚类的重要利器。
| 属性 | 值 |
|---|---|
| 用途 | 超快速蛋白质三维结构相似性搜索 |
| 时间复杂度 | O(n) |
| 空间复杂度 | O(n) |
| 年份 | 2023 |
| 分类 | 蛋白质结构预测 |
复杂度分析
- 时间复杂度：
O(n) - 空间复杂度：
O(n)
性能洞见：该算法时间复杂度属于线性（O(n) 量级），可在 TB 级数据上线性扩展，适合流式处理。空间复杂度线性，通常可通过滑动窗口等技术在常数因子上优化。
注：复杂度基于理论模型。实际性能受数据规模、硬件环境与实现优化影响，建议针对具体场景进行基准测试。
文献与实现
相关工具
TM-align · DALI · MMseqs2