MANGO
基于上下文建模的参考基因组无关序列压缩方法，通过学习序列局部统计特征实现基因组数据的高效压缩。 该方法无需参考基因组即可达到优秀的压缩比，适用于新物种或参考基因组不可用的场景。
| 属性 | 值 |
|---|---|
| 用途 | 无需参考基因组的基因组序列压缩 |
| 时间复杂度 | O(n) |
| 空间复杂度 | O(n) |
| 年份 | 2018 |
| 难度 | 高级 (Advanced) |
| 实现语言 | C++ |
| 分类 | 数据压缩 |
复杂度分析
- 时间复杂度：
O(n) - 空间复杂度：
O(n)
性能洞见：该算法时间复杂度属于线性（O(n) 量级），可在 TB 级数据上线性扩展，适合流式处理。空间复杂度线性，通常可通过滑动窗口等技术在常数因子上优化。
注：复杂度基于理论模型。实际性能受数据规模、硬件环境与实现优化影响，建议针对具体场景进行基准测试。
相关工具
Genozip · CRAM · gzip