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基于 SIMD 指令集的并行序列比对库，使用 Smith-Waterman、Needleman-Wunsch 等算法的向量化实现。该方法在现代 CPU 上实现了极高的比对吞吐量。
| 属性 | 值 |
|---|---|
| 用途 | SIMD 向量化的并行序列比对 |
| 时间复杂度 | O(mn / w) |
| 空间复杂度 | O(m) |
| 年份 | 2016 |
| 难度 | 高级 (Advanced) |
| 实现语言 | C |
| 分类 | 序列比对 |
复杂度分析
- 时间复杂度：
O(mn / w) - 空间复杂度：
O(m)
性能洞见：该算法时间复杂度属于多项式量级。
注：复杂度基于理论模型。实际性能受数据规模、硬件环境与实现优化影响，建议针对具体场景进行基准测试。
文献与实现
相关工具
SWIPE · SSEARCH · KSW