RSEM

基于参考转录组的转录本定量工具，使用期望最大化算法估计转录本丰度。该方法能够处理多重比对读段并提供转录本和基因水平的表达量估计，适合需要高精度定量的场景。

属性	值
用途	基于参考的转录本定量
时间复杂度	`O(n * t)`
空间复杂度	`O(t)`
年份	2011
分类	基因表达分析

复杂度分析

时间复杂度：O(n * t)
空间复杂度：O(t)

性能洞见：该算法时间复杂度属于多项式量级。

注：复杂度基于理论模型。实际性能受数据规模、硬件环境与实现优化影响，建议针对具体场景进行基准测试。

文献与实现

相关工具

Salmon · Kallisto · Sailfish

标签

quantification expectation-maximization rna-seq reference-based