seqwish
从全对全比对结果构建无损变异图的工具，将比对中的所有对齐关系编码为 图结构。该方法是 PGGB 工作流的核心组件，保证不丢失任何序列和比对信息。
| 属性 | 值 |
|---|---|
| 用途 | 从比对结果构建无损变异图 |
| 时间复杂度 | O(n^2) |
| 空间复杂度 | O(n^2) |
| 年份 | 2020 |
| 难度 | 高级 (Advanced) |
| 实现语言 | C++ |
| 分类 | 图基因组学 |
复杂度分析
- 时间复杂度：
O(n^2) - 空间复杂度：
O(n^2)
性能洞见：该算法时间复杂度属于二次方（O(n²) 量级），适合中等规模数据，大规模场景需考虑近似算法。空间复杂度较高；对超长序列可考虑 Hirschberg 算法等空间优化变体。
注：复杂度基于理论模型。实际性能受数据规模、硬件环境与实现优化影响，建议针对具体场景进行基准测试。
文献与实现
相关工具
PGGB · odgi · Minigraph