Shasta
基于游程编码的超快速长读段组装工具，使用 run-length 编码压缩序列数据以加速组装过程。 该方法专为 Oxford Nanopore 长读段设计，能够在极短时间内完成大规模基因组的从头组装。
| 属性 | 值 |
|---|---|
| 用途 | 超快速长读段基因组组装 |
| 时间复杂度 | O(n) |
| 空间复杂度 | O(n) |
| 年份 | 2020 |
| 难度 | 进阶 (Intermediate) |
| 实现语言 | C++ |
| 分类 | 序列组装 |
复杂度分析
- 时间复杂度：
O(n) - 空间复杂度：
O(n)
性能洞见：该算法时间复杂度属于线性（O(n) 量级），可在 TB 级数据上线性扩展，适合流式处理。空间复杂度线性，通常可通过滑动窗口等技术在常数因子上优化。
注：复杂度基于理论模型。实际性能受数据规模、硬件环境与实现优化影响，建议针对具体场景进行基准测试。
文献与实现
相关工具
Flye · Canu · Miniasm