Smith-Waterman
经典的局部序列比对算法，使用动态规划方法找出两条序列之间相似性最高的局部区域。 该算法保证找到最优的局部比对结果，适用于检测序列中的保守区域和功能域。
| 属性 | 值 |
|---|---|
| 用途 | 局部序列比对，寻找序列间的相似区域 |
| 时间复杂度 | O(mn) |
| 空间复杂度 | O(mn) |
| 年份 | 1981 |
| 分类 | 序列比对 |
复杂度分析
- 时间复杂度：
O(mn) - 空间复杂度：
O(mn)
性能洞见：该算法时间复杂度属于平方矩阵（O(mn) 量级），在序列长度 n、m 均超过 10⁴ 时需评估 SIMD / 近似加速。空间复杂度较高；对超长序列可考虑 Hirschberg 算法等空间优化变体。
注：复杂度基于理论模型。实际性能受数据规模、硬件环境与实现优化影响，建议针对具体场景进行基准测试。
文献与实现
相关工具
BLAST · FASTA · SSEARCH