SPRING Compress
针对大规模 FASTQ 数据集开发的重排序压缩工具，通过读段排序和参考序列编码实现极高的压缩比。 该方法能够处理海量测序数据，在百万级乃至亿级读段规模下仍保持高效的压缩性能和可接受的运行时间。
| 属性 | 值 |
|---|---|
| 用途 | 大规模 FASTQ 数据集的高比率重排序压缩 |
| 时间复杂度 | O(n log n) |
| 空间复杂度 | O(n) |
| 年份 | 2020 |
| 难度 | 进阶 (Intermediate) |
| 实现语言 | C++ |
| 分类 | 数据压缩 |
复杂度分析
- 时间复杂度：
O(n log n) - 空间复杂度：
O(n)
性能洞见：该算法时间复杂度属于准线性（n log n 量级），兼顾实用性与理论最优性，适合 GB 级数据集。空间复杂度线性，通常可通过滑动窗口等技术在常数因子上优化。
注：复杂度基于理论模型。实际性能受数据规模、硬件环境与实现优化影响，建议针对具体场景进行基准测试。
文献与实现
相关工具
SPRING · fqzcomp · Genozip