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WFA2-lib

基于波前比对算法的超快速序列比对库,利用序列相似性自适应地调整计算复杂度。该方法在高相似度序列比对中比传统方法快数个数量级。

属性
用途波前算法的自适应超快速序列比对
时间复杂度O(ns)
空间复杂度O(s)
年份2023
难度高级 (Advanced)
实现语言C
分类序列比对

复杂度分析

  • 时间复杂度O(ns)
  • 空间复杂度O(s)

性能洞见:该算法时间复杂度属于多项式量级。

注:复杂度基于理论模型。实际性能受数据规模、硬件环境与实现优化影响,建议针对具体场景进行基准测试。

文献与实现

相关工具

Edlib · parasail · KSW

标签

wavefront adaptive ultra-fast high-similarity

Released under the MIT License.