空间组学
保留空间信息的组学数据分析算法
10 个算法收录于该分类。
空间转录组学
空间分辨的基因表达分析方法
| Algorithm | Year | Purpose |
|---|---|---|
| stLearn | 2021 | 整合组织图像的空间转录组分析 |
| Squidpy | 2021 | 空间组学数据的图分析和图像整合 |
| Seurat Spatial | 2021 | 空间转录组数据的整合分析 |
| SPARK-X | 2021 | 快速非参数空间可变基因检测 |
| Giotto Suite | 2021 | 多平台空间组学综合分析框架 |
| SPARK | 2019 | 统计学方法检测空间可变基因 |
| SpatialDE | 2018 | 高斯过程方法检测空间表达模式 |
空间蛋白质组学
空间分辨的蛋白质组分析方法
| Algorithm | Year | Purpose |
|---|---|---|
| CellChat | 2021 | 基于配体-受体互作的细胞通讯推断 |
| Cellpose | 2020 | 基于深度学习的细胞图像分割 |
| StarDist | 2018 | 基于星形凸多边形的细胞分割 |