01
FASTQ 输入
FASTQ 或压缩 FASTQ 流从 parser 栈进入系统。
流水线
fq-compressor 围绕“有界 block 流水线”组织：串行输入、并行 block 处理、串行归档输出。 这一拆分直接体现在 include/fqc/pipeline/ 的公共接口，以及 src/commands/ 中的命令装配代码里。
压缩路径
压缩命令串起五类职责：
- 输入打开与 FASTQ 解析：
include/fqc/io/fastq_parser.h、include/fqc/io/compressed_stream.h - 全局分析：
include/fqc/algo/global_analyzer.h，决定 reads 如何分组以及是否需要重排元数据 - chunk 整理：
include/fqc/pipeline/pipeline.h，把解析结果转换成按逻辑流组织的视图 - block 压缩：
include/fqc/algo/block_compressor.h、include/fqc/algo/id_compressor.h、include/fqc/algo/quality_compressor.h - 归档写入：
include/fqc/format/fqc_writer.h、include/fqc/pipeline/writer_node.h
实际数据流可概括为：
02
Parser
record framing 与流归一化把原始输入转成可进入归档的记录。
03
全局分析
在 block 工作开始前，先确定统计、重排意图与内存纪律。
04
Read chunks
chunk 整理阶段把解析结果转成稳定的 archive-order 工作单元。
05
并行 block 压缩
序列、ID 与质量值逻辑流在 block 边界内独立编码。
06
FQC 归档
writer 输出 blocks、校验和、元数据以及后续检索要用的索引结构。
关键边界是 block。 分析阶段可能观察全量输入，但 payload 编码与归档存储始终保持在 block 级别，这样既能利用多核并行，也不会失去后续直接按 block 定位的能力。
解压路径
解压按相同边界反向展开：
01
.fqc archive
读取入口从归档头、索引表和 block 边界开始。
02
FQC reader
先装入头信息和 block 元数据，再决定完整恢复还是定向提取。
03
block 定位
索引驱动的定位阶段决定本次必须解码哪些 block。
04
并行逻辑流解码
payload 逻辑流在同一套 block 级契约下独立解压。
05
可选顺序恢复
只有在命令显式要求时，才执行原始顺序恢复。
06
FASTQ writer
解码后的记录以请求的输出模式离开归档。
Reader 侧的关键锚点是 include/fqc/format/fqc_reader.h、include/fqc/pipeline/fqc_reader_node.h 与 include/fqc/pipeline/decompressor_node.h。 src/commands/decompress_command.cpp 负责决定本次运行是完整恢复还是定向提取。 include/fqc/pipeline/pipeline_node.h 与 include/fqc/pipeline/pipeline_nodes.h 继续保留为 实现导向的兼容性 include；新的集成代码应优先使用 include/fqc/pipeline/pipeline.h。
为什么这样拆分
串行入口与出口
FASTQ 解析和最终归档写出天然带顺序语义。 把这两个阶段保持为串行，可以避免为 record framing、footer 更新和最终输出顺序引入额外线程协调。
并行 block 处理
一旦某个 chunk 拥有稳定的 archive-order read 范围，每个 block 就可以独立压缩或解压。 这也是 include/fqc/pipeline/pipeline.h 用 ReadChunk 和 CompressedBlock 表示完整工作单元的原因。
显式背压
流水线被设计成不会无限累积在途数据。 include/fqc/pipeline/pipeline.h 定义了 kDefaultMaxInFlightBlocks，而 include/fqc/common/memory_budget.h 则控制流水线在任一时刻允许持有的总数据量。
与命令层的关系
CLI 本身保持很薄。 src/main.cpp 负责参数解析，src/commands/compress_command.cpp 与 src/commands/decompress_command.cpp 把线程数、内存限制、顺序保持、校验和输出模式等选项转换成流水线配置。
这样大部分运行时行为都留在可复用的库代码里，而不是散落在 CLI 分支判断中。
代码锚点
- 流水线类型与协调：
include/fqc/pipeline/pipeline.h、src/pipeline/pipeline.cpp - 压缩节点：
include/fqc/pipeline/reader_node.h、include/fqc/pipeline/writer_node.h - 解压节点：
include/fqc/pipeline/fqc_reader_node.h、include/fqc/pipeline/decompressor_node.h、include/fqc/pipeline/fastq_writer_node.h - 兼容性 include（非首选集成入口）：
include/fqc/pipeline/pipeline_node.h、include/fqc/pipeline/pipeline_nodes.h - 命令装配：
src/commands/compress_command.cpp、src/commands/decompress_command.cpp
下一步可阅读
- FQC 格式与随机访问：继续看 block 边界为什么在外部可见
- 学院：如果你接下来要执行命令而不是继续读实现