算法白皮书

白皮书路径解释 fq-compressor 的压缩命题，但不会把公开文档写成实现细节笔记。你可以把它当作一份系统论证，说明短读长冗余、block 结构与检索语义如何同时落在一个归档设计里。

中心命题

fq-compressor 的身份来自 assembly 风格序列压缩、独立质量值建模，以及保持直接检索能力的归档格式三者之间的耦合。

边界条件

白皮书被刻意和性能证据部分绑定在一起。设计主张可以有野心，但公开定位必须停留在仓库今天可复现的证明面内。

分卷地图

分卷	核心问题	为什么重要
ABC 流水线	reads 如何在落盘前被分组和压缩表示？	它解释序列侧最主要的压缩杠杆
SCM 质量值建模	为什么质量值要被当作独立概率流？	它说明压缩比和吞吐并不只由序列决定
Reads 重排	如果归档必须可逆，为什么还要改输入顺序？	它把局部性从 preprocessing 小技巧提升为压缩工具
共识与差分表示	为什么用一条局部共识加稀疏编辑表示多条 reads？	它把 assembly 风格推理和 block 级存储连接起来