参考研究

这一节是整个站点的参考书架。如果你的问题不是“怎么运行 fq-compressor”，而是“哪些论文、仓库和项目姿态解释了它为什么长这样”，那就从这里开始。

引文系统

公开叙事背后必须站着论文、仓库和本地证据锚点。

核心文献

• [R1]
  SPRING 论文

  最接近 assembly-based compression 与可逆重排框架的论文来源。

• [R2]
  fqzcomp 仓库

  质量值编码取舍的重要外部参照。

• [R3]
  NanoSpring 论文

  帮助说明 fq-compressor 没有优先围绕长读长场景优化。

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对照仓库

• [C1]
  Spring

  read ordering 与 consensus-and-delta 推理最重要的上游参考。

• [C2]
  HARC

  适合比较 FASTQ 专用压缩器的架构与范围。

• [C3]
  fqzcomp

  质量值建模是否值得独立成流的重要对照物。

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仓库证据

• [E1]
  benchmark/results/

  已跟踪的机器可读与叙事型 benchmark 产物。

• [E2]
  docs/archive/

  仅保留历史研究与治理材料，供参考使用。

• [E3]
  vendor/spring-core/

  用于研究的提取参考代码和许可边界。

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这组书架怎么用

• 打开 书目与仓库 查看公开文档使用的编号文献和对照仓库。
• 打开 开源项目对照 查看 fq-compressor 保留、改写或拒绝了哪些上游思路。
• 打开 演进思考 查看当前 closeout mode 的项目姿态和文档边界。

建议同时打开的仓库锚点

• benchmark/results/
• ref-projects/
• vendor/spring-core/
• docs/archive/

为什么参考书架重要

只要 fq-compressor 愿意承认自己的谱系，它就会更强。SPRING [R1]、fqzcomp [R2]、HARC [C2]、NanoSpring [R3] 不是点缀，它们定义了 fq-compressor 正在加入的讨论，也让项目更容易解释自己刻意保持在哪些边界之内。历史性的 OpenSpec 资料若仍有保留，也只放在 docs/archive/ 中作为归档上下文。