Data Compression
Algorithms for compressing bioinformatics data
10 algorithms in this category.
General Compression
General-purpose data compression formats
| Algorithm | Year | Purpose |
|---|---|---|
| BGZF and Tabix | 2011 | 对基因组区间文件进行块压缩与随机区域访问 |
| GZIP for FASTQ | 1992 | 测序数据的通用压缩 |
Specialized Compression
Compression for specific bioinformatics formats
| Algorithm | Year | Purpose |
|---|---|---|
| Genozip | 2021 | 基因组数据的高压缩比无损压缩 |
| SPRING Compress | 2020 | 大规模 FASTQ 数据集的高比率重排序压缩 |
| SPRING | 2019 | FASTQ 读段及质量值的高比率无损压缩 |
| MANGO | 2018 | 无需参考基因组的基因组序列压缩 |
| Orione | 2015 | 参考辅助的 FASTQ/SAM 压缩 |
| fqzcomp | 2014 | FASTQ 质量分数的高效无损压缩 |
| DSRC | 2013 | FASTQ 数据的高速专用无损压缩 |
| CRAM | 2011 | 比对数据的高效压缩存储 |