Cactus
基于祖先引导的全基因组比对和泛基因组图构建方法，使用 progressive cactus 算法处理多物种间的共线性关系。该方法可构建大规模的全基因组比对和泛基因组 参考图。
| 属性 | 值 |
|---|---|
| 用途 | 多物种全基因组比对和泛基因组构建 |
| 时间复杂度 | O(n^2 * k) |
| 空间复杂度 | O(n * k) |
| 年份 | 2011 |
| 难度 | 高级 (Advanced) |
| 实现语言 | C、Python |
| 分类 | 图基因组学 |
复杂度分析
- 时间复杂度：
O(n^2 * k) - 空间复杂度：
O(n * k)
性能洞见：该算法时间复杂度属于多项式量级。
注：复杂度基于理论模型。实际性能受数据规模、硬件环境与实现优化影响，建议针对具体场景进行基准测试。
文献与实现
相关工具
Minigraph · PGGB · Mauve