Minigraph
基于 minimizer 的图基因组构建和比对工具，可将多个基因组组装整合为一个 保留结构变异的图结构。该方法支持线性序列到图的高效比对，是泛基因组 分析的核心工具。
| 属性 | 值 |
|---|---|
| 用途 | 构建泛基因组图和图上比对 |
| 时间复杂度 | O(n log n) |
| 空间复杂度 | O(n) |
| 年份 | 2020 |
| 难度 | 高级 (Advanced) |
| 实现语言 | C++ |
| 分类 | 图基因组学 |
复杂度分析
- 时间复杂度：
O(n log n) - 空间复杂度：
O(n)
性能洞见：该算法时间复杂度属于准线性（n log n 量级），兼顾实用性与理论最优性，适合 GB 级数据集。空间复杂度线性，通常可通过滑动窗口等技术在常数因子上优化。
注：复杂度基于理论模型。实际性能受数据规模、硬件环境与实现优化影响，建议针对具体场景进行基准测试。
文献与实现
相关工具
vg · Minimap2 · PGGB