Minimap2
通用的序列比对工具，支持长读段（PacBio/ONT）和短读段的快速比对。 该方法使用最小化子（minimizer）索引实现超快速比对，是长读段数据分析的首选工具。
| 属性 | 值 |
|---|---|
| 用途 | 长读段和短读段的通用快速比对 |
| 时间复杂度 | O(n) |
| 空间复杂度 | O(n) |
| 年份 | 2018 |
| 分类 | 序列比对 |
复杂度分析
- 时间复杂度：
O(n) - 空间复杂度：
O(n)
性能洞见：该算法时间复杂度属于线性（O(n) 量级），可在 TB 级数据上线性扩展，适合流式处理。空间复杂度线性，通常可通过滑动窗口等技术在常数因子上优化。
注：复杂度基于理论模型。实际性能受数据规模、硬件环境与实现优化影响，建议针对具体场景进行基准测试。
文献与实现
相关工具
BWA · NGMLR · Winnowmap