Orione
利用参考辅助压缩的 FASTQ 和 SAM 格式压缩工具，将读段比对到参考序列后仅存储差异信息。该方法在有高质量参考基因组时压缩效果极佳。
| 属性 | 值 |
|---|---|
| 用途 | 参考辅助的 FASTQ/SAM 压缩 |
| 时间复杂度 | O(n) |
| 空间复杂度 | O(1) |
| 年份 | 2015 |
| 难度 | 进阶 (Intermediate) |
| 实现语言 | C |
| 分类 | 数据压缩 |
复杂度分析
- 时间复杂度：
O(n) - 空间复杂度：
O(1)
性能洞见：该算法时间复杂度属于线性（O(n) 量级），可在 TB 级数据上线性扩展，适合流式处理。空间开销极小，适合内存受限的嵌入式或流式场景。
注：复杂度基于理论模型。实际性能受数据规模、硬件环境与实现优化影响，建议针对具体场景进行基准测试。
文献与实现
相关工具
CRAM · Genozip · Spring