Salmon
基于选择性比对的高速转录本定量工具，使用轻量级比对和在线 EM 算法估计转录本丰度。 该方法速度极快且内存占用低，能够校正 GC 含量偏差和序列特异性偏差。
| 属性 | 值 |
|---|---|
| 用途 | 快速准确的转录本定量 |
| 时间复杂度 | O(n) |
| 空间复杂度 | O(t) |
| 年份 | 2017 |
| 分类 | 基因表达分析 |
复杂度分析
- 时间复杂度：
O(n) - 空间复杂度：
O(t)
性能洞见：该算法时间复杂度属于线性（O(n) 量级），可在 TB 级数据上线性扩展，适合流式处理。
注：复杂度基于理论模型。实际性能受数据规模、硬件环境与实现优化影响，建议针对具体场景进行基准测试。
文献与实现
相关工具
Kallisto · RSEM · Sailfish