核心算法
FM-index
索引构建流程：
text
normalized reference -> alphabet text -> suffix array -> BWT -> C table + Occ samples -> .fm项目字母表：{0:$, 1:A, 2:C, 3:G, 4:T, 5:N}。
.fm 文件包含：
- magic/version；
- BWT；
- C 表；
- Occ 采样；
- SA 或稀疏 SA；
- contig 元信息；
- 编码后的参考文本。
SMEM 种子
seed.rs 使用 FM-index backward search 找 exact matches，并按 min_seed_len 与 max_occ 控制种子数量。max_occ 对重复区域非常重要，避免高度重复种子拖垮后续链构建。
链构建
chain.rs 将同一 contig 上方向一致、坐标合理的种子组织成链。链评分偏好近似共线的种子，并通过最大链数限制控制候选数量。
Smith-Waterman 延伸
sw.rs 提供带状仿射 gap SW、半全局对齐和链端延伸。extend.rs 负责把链转换为完整 CIGAR：
- 左端和右端使用可配置
zdrop终止延伸； - 链内 gap 使用全局对齐补齐，避免把中间 indel 裁掉；
- 两端无法对齐的 read 碱基以 soft clip 表示。
SAM 标签
pipeline.rs 对候选排序、分类 primary/secondary/supplementary，并生成 SAM 行。sam.rs 生成 MD:Z；supplementary.rs 生成 SA:Z。